第212章 计算生物学研究 三
理论模型跑通了，但生物学终究是一门实验科学。
再完美的数学模型，如果不能在真实的细胞里得到验证，那也只是一堆漂亮的废纸。
毕竟，在生物学界流传着一句至理名言：“模型是丰满的，细胞是骨感的，而实验结果往往是性感的——因为它总是充满了意外。”
徐辰设计的验证方案非常直接，甚至可以说是“简单粗暴”。
他选择大肠杆菌作为底盘细胞，目标产物设定为工业上价值极高的“琥珀酸”。
实验的核心逻辑在于验证那个“反直觉”的预测：
在传统的代谢工程中，想要提高琥珀酸的产量，通常的做法是过表达合成路径上的酶。但这往往会带来严重的“代谢负荷”——细胞把能量都拿去生产琥珀酸了，就没有能量去生长分裂，导致菌体生长缓慢，最终总产量反而上不去。这就是著名的“生长-生产权衡”。
而徐辰的模型预测，如果精准控制PFK（磷酸果糖激酶）和PYK（丙酮酸激酶）这两个关键节点的活性，将其压低到野生型的35%-40%之间，这是一个极窄的窗口，这样就能在不影响细胞生长速率的前提下，强行改变碳通量的分配，实现“生长偶联生产”。
验证标准很简单：如果菌体长得慢，产量高，说明模型平平无奇，只是重复了前人的老路。如果菌体长得快，产量低，说明模型失效，没能截留碳源。只有当菌体长得快，且产量暴增，才证明徐辰找到了那个上帝遗留的“后门”。
……
徐辰拿着那份“关键调控节点列表”的实验结果，再次敲开了陈志华教授的办公室。
“陈老师，模型跑出来了。”徐辰开门见山，“我找到了几个关键的调控靶点，理论上，只要对这几个酶进行扰动，就能大幅度改变代谢流的走向，比如……提高某种产物的产量。”
陈志华接过列表，扫了一眼，眉头微微一挑。
“PFK？PYK？徐辰，你这选的可都是‘硬骨头’啊。”
陈志华放下纸张，语气变得严肃起来：“你要知道，这两个酶是糖酵解途径的‘看门人’。早在19世纪，路易斯·巴斯德就发现了著名的‘巴斯德效应’，其核心机制就是这两个酶对ATP/AMP比率的敏感响应。它们不仅控制着葡萄糖的分解速度，还受到柠檬酸、磷酸烯醇式丙酮酸等十几种代谢物的变构调节。”
“它们是细胞代谢网络里最敏感的枢纽，牵一发而动全身。以前有不少人试图动这两个点，结果要么是细胞代谢紊乱，胞内中间产物堆积导致酸中毒直接饿死，要么就是细胞启动了旁路代谢，完全绕过了你的设计，没有任何效果。”
“我的模型考虑到了变构调节。”徐辰指着列表后面的一组参数，语气笃定，“传统的调节是‘开关式’的，要么敲除，要么过表达。但我的模型计算出了一个‘安全区间’。只要通过启动子工程，把酶活性精确控制在这个区间内，就能骗过细胞的监控系统，在它‘没反应过来’的时候，把代谢流偷走。”
“哦？”陈志华眼中闪过一丝惊讶，“你是说，你想在细胞的眼皮子底下搞走私？这要是能成，那可是突破了代谢工程的天花板啊。”
“所以，我想跟您借实验室验证一下。”徐辰说道。
“没问题！”陈志华大手一挥，“实验室随便你用，试剂耗材走我的经费。不过，这种精细调控的实验工作量可不小，构建菌株、筛选启动子、发酵测试……光是Gibson组装就得做几十次，你一个人忙得过来吗？要不要我给你派个熟手？”
徐辰犹豫了一下。
虽然陈教授很大方，但他心里有自己的盘算。这个课题是他独立立项的，并未挂靠在陈教授的项目下。借用场地和仪器已经是欠了人情，如果再占用人家博士生的时间，甚至花人家的经费买试剂，那就有点不懂事了。
毕竟博士生都有自己的毕业压力，谁愿意给一个大一本科生打白工？
“不用了，陈老师。”徐辰笑了笑，婉拒道，“我自己做就行，反正我最近课不多，多花几个晚上熬一熬也就出来了。至于试剂，我自己买点通用的就行。”
就在这时，一个声音从门口传来。
“陈老师，让我来帮他吧。”
徐辰回头一看，只见刘伟正站在门口。他手里拿着一盒刚提出来的质粒，身上的白大褂虽然有些旧，但洗得干干净净。
那个曾经满脸胡渣、眼神涣散的“延毕博士”，此刻看起来精神了不少，虽然发际线依然倔强地靠后，但眼里的光回来了。
“老刘？”徐辰有些意外。
“徐神，别跟我客气。”刘伟走进来，把质粒放在桌上，冲徐辰咧嘴一笑，“我最近那个新课题刚做到质粒构建阶段，等菌长起来还得十几个小时，中间全是空档期，闲着也是闲着。”
见徐辰还要推辞，刘伟摆了摆手，压低声音说道：“再说了，上次要不是你把那个造假雷给排了，我现在估计已经被退学回家种地了。现在你有个这么狂野的想法，我这个当师兄的，别的本事没有，帮你提提质粒、跑跑板子还是没问题的。”
陈志华看着这一幕，笑着点了点头：“行，刘伟是咱们实验室手最稳的老人了。有他帮你，我也放心。就这么定了。”
“那就麻烦师兄了。”徐辰也不再矫情，笑着伸出手，“等论文发了，二作给你留着。”
“别别别！”刘伟吓了一跳，连连摆手，“我就打个下手，哪敢蹭你的二作。你能带我见识见识你怎么用数学‘算命’，我就知足了。”
“一码归一码。”徐辰语气坚定，“没有你的金手指，我这模型也就是纸上谈兵。咱们这是干湿结合，缺一不可。”
刘伟看着徐辰认真的眼神，心里涌过一阵暖流，重重地点了点头：“行！那我就跟着徐神混了！”
……
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